Fratello minore di
Joseph Haydn. Da giovane, Michael fu corista alla
cattedrale di Santo Stefano a Vienna. Il suo primo incarico significativo fu a Grosswardein, come maestro di cappella del vescovo. Nel 1763 diventò primo violino della
Cappella di corte a Salisburgo. Dopo la morte di
Adlgasser, nel 1777, prestò servizio come organista alla
Chiesa della Trinità, e nel 1782 fu nominato organista di corte e della
cattedrale, come successore di Mozart. Fu un compositore fertile e di successo sia di musica sacra che profana, e nel 1767 collaborò con Mozart e Adlgasser alla composizione di
Die Schuldigkeit des ersten Gebots K 35. Sia Wolfgang che Leopold ne avevano stima come musicista: oltre a citazioni dalla sua musica in opere di Wolfgang ci sono anche sue opere che sono state invece erroneamente attribuite a Mozart: fra queste i minuetti
K 61b,
104 e
105, il terzetto «Liebes Mädchen, hör mir zu» KAnh. C9.04, i canoni K 562a e K 562b. È realistico che per ragioni di studio il giovane Mozart avesse copiato della musica sacra di Haydn, fra cui due
Pignus futurae gloriae (KAnh. A11 e A12),
Tres sunt (KAnh. A13) e un`
Ave Maria (KAnh. A14). Nel 1783 probabilmente Wolfgang eseguì qualche brano di musica sacra di Michael a casa di
Gottfried van Swieten e potrebbe aver composto i due duetti per violino e viola,
K 423 e
K 424 per aiutarlo mentre era in difficoltà a completare una commissione per sei lavori simili. Non è chiaro chi dei due abbia composto l`introduzione a una sinfonia di Haydn tradizionalmente attribuita a Mozart come
K 444. Bibl.:
Angermüller e Senigl, «Biographie des Salzburgischen Concertmeisters Michael Haydn von seinen Freunden verfasset»;
Croll e Vössing, Johann Michael Haydn, sein Leben, sein Schaffen, seine Zeit: eine Bildbiographie;
Schmid, Mozart und die Salzburger Tradition;
SML, pp. 172-175;
Schuler, Mozarts Salzburger Freunde und Bekannte, pp. 142-144.