Fondata nel V o VI secolo e ricostruita due volte, nel 1119 e nel 1502. Per una descrizione dell’epoca si veda Descrizione della Chiesa di S. Giustina di Padova (5a ed., Padova, 1759), pp. 10-11: «I due Organi, che sono nel Santuario, sono stati fatti nel 1735. da D. Pietro Nachini Prete Dalmatino. Il maggiore è posto alla parte dell’Evangelio, ed ha 50. registri. I due principali sono di 16. piedi, come anche le canne di legno corrispondenti, le quali ripigliando fanno tre unisoni. Ha due tastature di 57. tasti per una, e 3700. canne tutte di stagno di Malacca, alla riserva dei contrabassi al num. di 31., i quali sono di legno. A rendere più singolare l’armonìa di quest’Organo concorrono quattro registri di linguetta, i quali nella loro combinazione fanno apparire una intera Orchestra, con Arpa, Flauti, ed altri stromenti. L’altro Organo in faccia di questo ha solamente 18. registri di ottima qualità, che lo rendono molto vago, ed armonioso.»
